Summary
Marc J Williams
2024-01-05
- 1 Filtering
- 2 QC
- 3 Summary
- 4 Summary per cell type
- 5 Copy number landscape
- 5.1 Full cohort
- 5.2 BRCA2 hets
- 5.3 BRCA1 hets
- 5.4 WT
- 5.5 Per patient
- 5.6 Per patient (individual plots)
- 5.6.1 ATMHET6182
- 5.6.2 B1HET6139
- 5.6.3 B1HET6301
- 5.6.4 B1HET6389
- 5.6.5 B1HET6550
- 5.6.6 WT6536
- 5.6.7 B2HET16
- 5.6.8 B2HET18
- 5.6.9 B2HET21
- 5.6.10 B2HET23
- 5.6.11 B2HET25
- 5.6.12 B1HET43
- 5.6.13 B1HET49
- 5.6.14 WT12
- 5.6.15 WT28
- 5.6.16 WT6
- 5.6.17 WT7
- 5.6.18 WT8
- 5.6.19 WT6520
- 5.6.20 B1HET6410
- 5.6.21 B1HET6537
- 5.6.26 B1HET17
- 5.6.27 WT6752
- 5.6.29 WT62
- 5.6.31 B1HET6548
- 5.6.32 B2HET6532
- 5.6.34 B2HET232
1 Filtering
For the analysis shown here cells that fulfill the following criteria have been included:
- Quality score > 0.75
- Number of reads > 100,000
- Not in s-phase (from s-phase classifier)
- Cell has diploid baseline ploidy (some high ploidy cells may be replicating cells not caught by the s-phase classifier)
A cell is classed as aneuploid if it has 1 or more chromosome arm that is non-diploid. This therefore classifies cells that may have small focal gains or losses as “normal”. Some cells appear to have quite noisy profiles so requiring a whole chromosome arm to be aberrent mitigates noisy cells inflating the number of aneuploid cells.
There are a number of what seem to be genuine high ploidy cells but many have likely incorrect ploidy calls. So for now we’ll just remove any cell that has baseline ploidy != 2. We’ll need to return to this and come up with a strategy to ensure we include genuine high ploidy cells.
After filtering as described above these are the number of cells per sample:
| sample | sphase_FALSE | sphase_TRUE | total |
|---|---|---|---|
| ATMHET6182 | 760 | 249 | 1009 |
| B1HET17 | 591 | 2 | 593 |
| B1HET43 | 4224 | 522 | 4746 |
| B1HET49 | 3576 | 721 | 4297 |
| B1HET6139 | 133 | 1 | 134 |
| B1HET6301 | 171 | 35 | 206 |
| B1HET6389 | 469 | 0 | 469 |
| B1HET6410 | 1009 | 6 | 1015 |
| B1HET6537 | 1476 | 2 | 1478 |
| B1HET6548 | 1068 | 7 | 1075 |
| B1HET6550 | 1745 | 1 | 1746 |
| B2HET16 | 2556 | 679 | 3235 |
| B2HET18 | 1815 | 490 | 2305 |
| B2HET21 | 2985 | 857 | 3842 |
| B2HET23 | 4663 | 1308 | 5971 |
| B2HET232 | 666 | 4 | 670 |
| B2HET25 | 2002 | 939 | 2941 |
| B2HET6532 | 1208 | 1 | 1209 |
| WT12 | 170 | 49 | 219 |
| WT28 | 201 | 37 | 238 |
| WT6 | 2625 | 736 | 3361 |
| WT62 | 2010 | 17 | 2027 |
| WT6520 | 1071 | 3 | 1074 |
| WT6536 | 884 | 0 | 884 |
| WT6752 | 1213 | 0 | 1213 |
| WT7 | 845 | 165 | 1010 |
| WT8 | 172 | 10 | 182 |
And by sample type
| sampletype | sphase_FALSE | sphase_TRUE | total |
|---|---|---|---|
| ATM-Het | 760 | 249 | 1009 |
| BRCA1-Het | 16370 | 1346 | 17716 |
| BRCA2-Het | 19347 | 4309 | 23656 |
| WT | 11698 | 1037 | 12735 |
And per sample per cell type:
| sample | LUMBAS | VFTISS | BAS | LUM | BL | LUM-B2 | AV | HS | BA | BAS-LEFT | BAS-RIGHT | LUM-LEFT | LUM-RIGHT | MIX | LUM-M | LUM-P | TISS |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ATMHET6182 | 228 | 781 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B1HET17 | NA | NA | 574 | 19 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B1HET43 | NA | NA | 938 | 1282 | 1369 | 1157 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B1HET49 | NA | NA | 1451 | 488 | 1037 | 1321 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B1HET6139 | NA | 134 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B1HET6301 | NA | 203 | 1 | 2 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B1HET6389 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 469 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B1HET6410 | NA | NA | 333 | NA | NA | NA | 380 | 302 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B1HET6537 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 682 | 796 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B1HET6548 | NA | NA | NA | 1075 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B1HET6550 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 629 | 890 | 227 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B2HET16 | NA | NA | 353 | 1088 | 914 | 875 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 5 | NA | NA | NA |
| B2HET18 | NA | NA | 1383 | 471 | 89 | 305 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 57 | NA | NA | NA |
| B2HET21 | NA | NA | 1948 | NA | 1892 | 2 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B2HET23 | NA | NA | 1294 | 1030 | 2181 | 1466 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B2HET232 | NA | NA | NA | 670 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B2HET25 | NA | NA | 918 | 38 | 817 | 1168 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B2HET6532 | NA | NA | NA | 1209 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| WT12 | NA | NA | 60 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 120 | 39 | NA |
| WT28 | NA | NA | 92 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 68 | 78 | NA |
| WT6 | NA | NA | 90 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1510 | 704 | 1057 |
| WT62 | NA | NA | 782 | 1245 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| WT6520 | NA | NA | 113 | 961 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| WT6536 | NA | NA | 488 | 396 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| WT6752 | NA | NA | 204 | 1009 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| WT7 | NA | NA | 774 | NA | NA | 222 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 14 | NA | NA |
| WT8 | NA | NA | 66 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 23 | 93 | NA |
And per sample per cell type (non-sphase):
| sample | LUMBAS | VFTISS | BAS | LUM | BL | LUM-B2 | AV | HS | BA | BAS-LEFT | BAS-RIGHT | LUM-LEFT | LUM-RIGHT | MIX | LUM-M | LUM-P | TISS |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ATMHET6182 | 60 | 700 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B1HET17 | NA | NA | 573 | 18 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B1HET43 | NA | NA | 808 | 1147 | 1285 | 984 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B1HET49 | NA | NA | 1185 | 332 | 921 | 1138 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B1HET6139 | NA | 133 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B1HET6301 | NA | 171 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B1HET6389 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 469 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B1HET6410 | NA | NA | 329 | NA | NA | NA | 379 | 301 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B1HET6537 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 680 | 796 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B1HET6548 | NA | NA | NA | 1068 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B1HET6550 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 629 | 889 | 227 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B2HET16 | NA | NA | 236 | 845 | 752 | 723 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B2HET18 | NA | NA | 1128 | 342 | 83 | 246 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 16 | NA | NA | NA |
| B2HET21 | NA | NA | 1424 | NA | 1559 | 2 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B2HET23 | NA | NA | 1027 | 688 | 1737 | 1211 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B2HET232 | NA | NA | NA | 666 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B2HET25 | NA | NA | 728 | 21 | 448 | 805 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| B2HET6532 | NA | NA | NA | 1208 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| WT12 | NA | NA | 44 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 93 | 33 | NA |
| WT28 | NA | NA | 85 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 41 | 75 | NA |
| WT6 | NA | NA | 48 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1245 | 510 | 822 |
| WT62 | NA | NA | 777 | 1233 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| WT6520 | NA | NA | 111 | 960 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| WT6536 | NA | NA | 488 | 396 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| WT6752 | NA | NA | 204 | 1009 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| WT7 | NA | NA | 616 | NA | NA | 220 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 9 | NA | NA |
| WT8 | NA | NA | 64 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 20 | 88 | NA |
I also plot some of this information in section 3.
2 QC
There appears to be a greater number of aneuploid cells in the unsorted WT6 sample.
Some of the cells look a bit noisy as shown below in the heatmaps and some individual cells. We’ll remove this sample from any further analysis for now.
3 Summary
Here I’ll plot some overall summaries of the data including: number of cells per sample, fraction of cells aneuploid etc.
Total number of cells is 55116 and total number of non-sphase cells is 48175.
One of the most striking things about this data are the cells that have a large number of alterations. Here I’ll plot the fraction of cells with greater than X chromosomal changes, where X is 1,2,3,5.
Here are some of the abnormal WT cells.
WT12: 
WT28: 
WT8: 
WT7:
4 Summary per cell type
5 Copy number landscape
5.1 Full cohort
5.2 BRCA2 hets
5.3 BRCA1 hets
5.4 WT
5.5 Per patient
5.6 Per patient (individual plots)
5.6.1 ATMHET6182
5.6.2 B1HET6139
5.6.3 B1HET6301
5.6.4 B1HET6389
5.6.5 B1HET6550
5.6.6 WT6536
5.6.7 B2HET16
5.6.8 B2HET18
5.6.9 B2HET21
5.6.10 B2HET23
5.6.11 B2HET25
5.6.12 B1HET43
5.6.13 B1HET49
5.6.14 WT12
5.6.15 WT28
5.6.16 WT6
5.6.17 WT7
5.6.18 WT8
5.6.19 WT6520
5.6.20 B1HET6410
5.6.21 B1HET6537
5.6.26 B1HET17
5.6.27 WT6752
5.6.29 WT62
5.6.31 B1HET6548
5.6.32 B2HET6532
5.6.34 B2HET232
